Lompat ke isi

Métagénomik

Ti Wikipédia Sunda, énsiklopédi bébas
Bagian ti seri ngeunaan
Genetika
Key components
Citakan:Excerpt
Sajarah jeung jejer
Panalungtikan
Widang
Citakan:Excerpt
Personalized medicine

 

Dina métagénomik, bahan genetik ( DNA, C ) diekstrak langsung tina sampel nu dicokot ti lingkungan (misalna taneuh, cai laut, usus manusa, A ) sanggeus nyaring ( B ), sarta diurutkeun ( E ) sanggeus multiplikasi ku kloning ( D ) dina pendekatan nu disebut shotgun sequencing . Runtuyan pondok ieu lajeng bisa dihijikeun deui ngagunakeun métode assembly ( F ) pikeun deduce génom individu atawa bagéan génom nu mangrupakeun sampel lingkungan aslina. Inpormasi ieu teras tiasa dianggo pikeun ngulik karagaman spésiés sareng poténsi fungsional komunitas mikroba lingkungan.

Métagénomika nyaéta ulikan ngeunaan sakabéh bahan génétik ti sakabéh organismeu dina hiji lingkungan, anu nyadiakeun wawasan ngeunaan komposisi pangeusina, karageman, sarta poténsi pungsionalna. Métagénomika geus ngamungkinkeun para panalungtik pikeun ngimeutan kandungan mikroba sampel lingkungan jeung klinis tanpa perlu ngultur anu méakkeun waktu.

Métagénomika geus ngarobah ékologi mikroba jeung biologi évolusionér ku ngungkab kapabilitas biodiversitas jeung métabolik anu saméméhna nyumput. Ku turunna biaya sekuensing DNA, kiwari studi métagénomik geus matuh ngimeutan ratusan dugi ka rébuan conto, ngamungkinkeun éksplorasi komunitas mikroba skala gedé katut peranna dina kaséhatan sareng ékosistem global. [1] [2] [3] [4]

Panalungtikan métagénomik biasana maké sékuénsing shotgun atawa sekuensing bacaan panjang (<i>long-read</i>).[5] Widang ieu ogé disebut salaku génomika lingkungan, ékogénomika, génomika komunitas, atanapi mikrobiomika anu geus muka pangaweruh ngeunaan kahirupan mikroba saluareun anu biasa diungkabkeun ku cara kultur tradisional.

Métagénomika béda ti sekuensing amplikon, katelah ogé métabarkoding atawa sekuensing dumasar PCR.[6] Béda utamana nyaéta métodologi dasarna, sabab métagénomika nargétkeun sakabéh DNA dina sampel, anapon sekuénsing amplikon mah husus nargétkeun hiji atawa sababaraha gén husus.[7] Pamakéan data ogé béda antara dua pendekatan ieu. Sékuénsing amplikon nyadiakeun utamana propil komunitas anu ngawincik taksa nu hadir dina sampel, anapon métagénomika ngawengku ogé énzim jeung jalurna anu disandina.[8] Ti heula, sékuénsing amplikon remen dipaké sékuénsing sampel lingkungan pikeun mariksa gén spésipik anu kajaga (conserved), kayaning gén rRNA 16S, pikeun nempo profil karageman mikroba. Ieu panalungtikan nunjukkeun yén kalolobaan karageman mikroba teu kabaca ku cara kultur.

Tempo ogé

[édit | édit sumber]
  • Binning
  • Epidemiologi sareng limbah
  • Métaproteomik
  • Ékologi mikroba
  • Patogenomik
  • Analisis Virome

Réferénsi

[édit | édit sumber]
  1. ↑ Pinto, Yishay; Bhatt, Ami S. (December 2024). "Sequencing-based analysis of microbiomes". Nature Reviews Genetics (Dina basa Inggris). 25 (12): 829–845. doi:10.1038/s41576-024-00746-6. ISSN 1471-0064. PMID 38918544.
  2. ↑ Thompson, Luke R.; Sanders, Jon G.; McDonald, Daniel; Amir, Amnon; Ladau, Joshua; Locey, Kenneth J.; Prill, Robert J.; Tripathi, Anupriya; Gibbons, Sean M. (November 2017). "A communal catalogue reveals Earth's multiscale microbial diversity". Nature (Dina basa Inggris). 551 (7681): 457–463. Bibcode:2017Natur.551..457T. doi:10.1038/nature24621. ISSN 1476-4687. PMC 6192678. PMID 29088705.
  3. ↑ Stewart, Christopher J.; Ajami, Nadim J.; O’Brien, Jacqueline L.; Hutchinson, Diane S.; Smith, Daniel P.; Wong, Matthew C.; Ross, Matthew C.; Lloyd, Richard E.; Doddapaneni, HarshaVardhan (October 2018). "Temporal development of the gut microbiome in early childhood from the TEDDY study". Nature (Dina basa Inggris). 562 (7728): 583–588. Bibcode:2018Natur.562..583S. doi:10.1038/s41586-018-0617-x. ISSN 1476-4687. PMC 6415775. PMID 30356187.
  4. ↑ Carlino, Niccolò; Blanco-Míguez, Aitor; Punčochář, Michal; Mengoni, Claudia; Pinto, Federica; Tatti, Alessia; Manghi, Paolo; Armanini, Federica; Avagliano, Michele (2024-10-03). "Unexplored microbial diversity from 2,500 food metagenomes and links with the human microbiome". Cell. 187 (20): 5775–5795.e15. doi:10.1016/j.cell.2024.07.039. ISSN 0092-8674. PMID 39214080.
  5. ↑ Thompson, Luke R.; Sanders, Jon G.; McDonald, Daniel; Amir, Amnon; Ladau, Joshua; Locey, Kenneth J.; Prill, Robert J.; Tripathi, Anupriya; Gibbons, Sean M. (November 2017). "A communal catalogue reveals Earth's multiscale microbial diversity". Nature (Dina basa Inggris). 551 (7681): 457–463. Bibcode:2017Natur.551..457T. doi:10.1038/nature24621. ISSN 1476-4687. PMC 6192678. PMID 29088705.
  6. ↑ Thompson, Luke R.; Sanders, Jon G.; McDonald, Daniel; Amir, Amnon; Ladau, Joshua; Locey, Kenneth J.; Prill, Robert J.; Tripathi, Anupriya; Gibbons, Sean M. (November 2017). "A communal catalogue reveals Earth's multiscale microbial diversity". Nature (Dina basa Inggris). 551 (7681): 457–463. Bibcode:2017Natur.551..457T. doi:10.1038/nature24621. ISSN 1476-4687. PMC 6192678. PMID 29088705.
  7. ↑ Stewart, Christopher J.; Ajami, Nadim J.; O’Brien, Jacqueline L.; Hutchinson, Diane S.; Smith, Daniel P.; Wong, Matthew C.; Ross, Matthew C.; Lloyd, Richard E.; Doddapaneni, HarshaVardhan (October 2018). "Temporal development of the gut microbiome in early childhood from the TEDDY study". Nature (Dina basa Inggris). 562 (7728): 583–588. Bibcode:2018Natur.562..583S. doi:10.1038/s41586-018-0617-x. ISSN 1476-4687. PMC 6415775. PMID 30356187.
  8. ↑ Carlino, Niccolò; Blanco-Míguez, Aitor; Punčochář, Michal; Mengoni, Claudia; Pinto, Federica; Tatti, Alessia; Manghi, Paolo; Armanini, Federica; Avagliano, Michele (2024-10-03). "Unexplored microbial diversity from 2,500 food metagenomes and links with the human microbiome". Cell. 187 (20): 5775–5795.e15. doi:10.1016/j.cell.2024.07.039. ISSN 0092-8674. PMID 39214080.
  9. Hugenholtz P, Goebel BM, Pace NR (September 1998). "Impact of culture-independent studies on the emerging phylogenetic view of bacterial diversity". Journal of Bacteriology. 180 (18): 4765–74. doi:10.1128/JB.180.18.4765-4774.1998. PMC 107498. PMID 9733676.
  10. Eisen JA (March 2007). "Environmental shotgun sequencing: its potential and challenges for studying the hidden world of microbes". PLOS Biology. 5 (3): e82. doi:10.1371/journal.pbio.0050082. PMC 1821061. PMID 17355177.
  11. Handelsman J, Rondon MR, Brady SF, Clardy J, Goodman RM (October 1998). "Molecular biological access to the chemistry of unknown soil microbes: a new frontier for natural products". Chemistry & Biology. 5 (10): R245-9. doi:10.1016/S1074-5521(98)90108-9. PMID 9818143..
  12. Chen K, Pachter L (July 2005). "Bioinformatics for whole-genome shotgun sequencing of microbial communities". PLOS Computational Biology. 1 (2): 106–12. Bibcode:2005PLSCB...1...24C. doi:10.1371/journal.pcbi.0010024. PMC 1185649. PMID 16110337.
  13. Lane DJ, Pace B, Olsen GJ, Stahl DA, Sogin ML, Pace NR (October 1985). "Rapid determination of 16S ribosomal RNA sequences for phylogenetic analyses". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 82 (20): 6955–9. Bibcode:1985PNAS...82.6955L. doi:10.1073/pnas.82.20.6955. PMC 391288. PMID 2413450.
  14. Schmidt TM, DeLong EF, Pace NR (July 1991). "Analysis of a marine picoplankton community by 16S rRNA gene cloning and sequencing". Journal of Bacteriology. 173 (14): 4371–8. doi:10.1128/jb.173.14.4371-4378.1991. PMC 208098. PMID 2066334.
  15. Healy FG, Ray RM, Aldrich HC, Wilkie AC, Ingram LO, Shanmugam KT (1995). "Direct isolation of functional genes encoding cellulases from the microbial consortia in a thermophilic, anaerobic digester maintained on lignocellulose". Applied Microbiology and Biotechnology. 43 (4): 667–74. doi:10.1007/BF00164771. PMID 7546604. S2CID 31384119.
  16. Stein JL, Marsh TL, Wu KY, Shizuya H, DeLong EF (February 1996). "Characterization of uncultivated prokaryotes: isolation and analysis of a 40-kilobase-pair genome fragment from a planktonic marine archaeon". Journal of Bacteriology. 178 (3): 591–9. doi:10.1128/jb.178.3.591-599.1996. PMC 177699. PMID 8550487.
  17. Béjà O, Suzuki MT, Koonin EV, Aravind L, Hadd A, Nguyen LP, et al. (October 2000). "Construction and analysis of bacterial artificial chromosome libraries from a marine microbial assemblage". Environmental Microbiology. 2 (5): 516–29. Bibcode:2000EnvMi...2..516B. doi:10.1046/j.1462-2920.2000.00133.x. PMID 11233160. S2CID 8267748.
  18. Tyson GW, Chapman J, Hugenholtz P, Allen EE, Ram RJ, Richardson PM, et al. (March 2004). "Community structure and metabolism through reconstruction of microbial genomes from the environment". Nature. 428 (6978): 37–43. Bibcode:2004Natur.428...37T. doi:10.1038/nature02340. PMID 14961025. S2CID 4420754.Citakan:Subscription required
  19. Breitbart M, Salamon P, Andresen B, Mahaffy JM, Segall AM, Mead D, et al. (October 2002). "Genomic analysis of uncultured marine viral communities". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 99 (22): 14250–5. Bibcode:2002PNAS...9914250B. doi:10.1073/pnas.202488399. PMC 137870. PMID 12384570.
  20. Hugenholtz P (2002). "Exploring prokaryotic diversity in the genomic era". Genome Biology. 3 (2) REVIEWS0003. doi:10.1186/gb-2002-3-2-reviews0003. PMC 139013. PMID 11864374.
  21. Poinar HN, Schwarz C, Qi J, Shapiro B, Macphee RD, Buigues B, et al. (January 2006). "Metagenomics to paleogenomics: large-scale sequencing of mammoth DNA". Science. 311 (5759): 392–4. Bibcode:2006Sci...311..392P. doi:10.1126/science.1123360. PMID 16368896. S2CID 11238470.
  22. Edwards RA, Rodriguez-Brito B, Wegley L, Haynes M, Breitbart M, Peterson DM, et al. (March 2006). "Using pyrosequencing to shed light on deep mine microbial ecology". BMC Genomics. 7 57. doi:10.1186/1471-2164-7-57. PMC 1483832. PMID 16549033.
  23. Rodrigue S, Materna AC, Timberlake SC, Blackburn MC, Malmstrom RR, Alm EJ, Chisholm SW (July 2010). Gilbert JA (éd.). "Unlocking short read sequencing for metagenomics". PLOS ONE. 5 (7) e11840. Bibcode:2010PLoSO...511840R. doi:10.1371/journal.pone.0011840. PMC 2911387. PMID 20676378.
  24. Schuster SC (January 2008). "Next-generation sequencing transforms today's biology". Nature Methods. 5 (1): 16–8. doi:10.1038/nmeth1156. PMID 18165802. S2CID 1465786.
  25. "Metagenomics versus Moore's law". Nature Methods. 6 (9): 623. 2009. doi:10.1038/nmeth0909-623.
  26. Burton JN, Liachko I, Dunham MJ, Shendure J (May 2014). "Species-level deconvolution of metagenome assemblies with Hi-C-based contact probability maps". G3. 4 (7): 1339–46. doi:10.1534/g3.114.011825. PMC 4455782. PMID 24855317.
  27. Wooley JC, Godzik A, Friedberg I (February 2010). Bourne PE (éd.). "A primer on metagenomics". PLOS Computational Biology. 6 (2) e1000667. Bibcode:2010PLSCB...6E0667W. doi:10.1371/journal.pcbi.1000667. PMC 2829047. PMID 20195499.
  28. Hess M, Sczyrba A, Egan R, Kim TW, Chokhawala H, Schroth G, et al. (January 2011). "Metagenomic discovery of biomass-degrading genes and genomes from cow rumen". Science. 331 (6016): 463–7. Bibcode:2011Sci...331..463H. doi:10.1126/science.1200387. PMID 21273488. S2CID 36572885.
  29. Qin J, Li R, Raes J, Arumugam M, Burgdorf KS, Manichanh C, et al. (March 2010). "A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing". Nature. 464 (7285): 59–65. Bibcode:2010Natur.464...59.. doi:10.1038/nature08821. PMC 3779803. PMID 20203603.Citakan:Subscription required
  30. Committee on Metagenomics: Challenges and Functional Applications, National Research Council (2007). The New Science of Metagenomics: Revealing the Secrets of Our Microbial Planet. Washington, D.C.: The National Academies Press. Bibcode:2007nap..book11902N. doi:10.17226/11902. ISBN 978-0-309-10676-4. PMID 21678629.
  31. Kunin V, Copeland A, Lapidus A, Mavromatis K, Hugenholtz P (December 2008). "A bioinformatician's guide to metagenomics". Microbiology and Molecular Biology Reviews. 72 (4): 557–78, Table of Contents. doi:10.1128/MMBR.00009-08. PMC 2593568. PMID 19052320.
  32. Huson DH, Mitra S, Ruscheweyh HJ, Weber N, Schuster SC (September 2011). "Integrative analysis of environmental sequences using MEGAN4". Genome Research. 21 (9): 1552–60. doi:10.1101/gr.120618.111. PMC 3166839. PMID 21690186.
  33. Sunagawa S, Mende DR, Zeller G, Izquierdo-Carrasco F, Berger SA, Kultima JR, et al. (December 2013). "Metagenomic species profiling using universal phylogenetic marker genes". Nature Methods. 10 (12): 1196–9. doi:10.1038/nmeth.2693. PMID 24141494. S2CID 7728395.
  34. Milanese A, Mende DR, Paoli L, Salazar G, Ruscheweyh HJ, Cuenca M, et al. (March 2019). "Microbial abundance, activity and population genomic profiling with mOTUs2". Nature Communications. 10 (1) 1014. Bibcode:2019NatCo..10.1014M. doi:10.1038/s41467-019-08844-4. PMC 6399450. PMID 30833550.
  35. Liu B, Gibbons T, Ghodsi M, Treangen T, Pop M (2011). "Accurate and fast estimation of taxonomic profiles from metagenomic shotgun sequences". BMC Genomics. 12 (Suppl 2) S4. doi:10.1186/1471-2164-12-S2-S4. PMC 3194235. PMID 21989143.
  36. Konopka A (November 2009). "What is microbial community ecology?". The ISME Journal. 3 (11): 1223–30. Bibcode:2009ISMEJ...3.1223K. doi:10.1038/ismej.2009.88. PMID 19657372.
  37. Huson DH, Auch AF, Qi J, Schuster SC (March 2007). "MEGAN analysis of metagenomic data". Genome Research. 17 (3): 377–86. doi:10.1101/gr.5969107. PMC 1800929. PMID 17255551.
  38. Kurokawa K, Itoh T, Kuwahara T, Oshima K, Toh H, Toyoda A, et al. (August 2007). "Comparative metagenomics revealed commonly enriched gene sets in human gut microbiomes". DNA Research. 14 (4): 169–81. doi:10.1093/dnares/dsm018. PMC 2533590. PMID 17916580.
  39. Simon C, Daniel R (November 2009). "Achievements and new knowledge unraveled by metagenomic approaches". Applied Microbiology and Biotechnology. 85 (2): 265–76. doi:10.1007/s00253-009-2233-z. PMC 2773367. PMID 19760178.
  40. Simon C, Daniel R (February 2011). "Metagenomic analyses: past and future trends". Applied and Environmental Microbiology. 77 (4): 1153–61. Bibcode:2011ApEnM..77.1153S. doi:10.1128/AEM.02345-10. PMC 3067235. PMID 21169428.
  41. Werner JJ, Knights D, Garcia ML, Scalfone NB, Smith S, Yarasheski K, et al. (March 2011). "Bacterial community structures are unique and resilient in full-scale bioenergy systems". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 (10): 4158–63. Bibcode:2011PNAS..108.4158W. doi:10.1073/pnas.1015676108. PMC 3053989. PMID 21368115.
  42. McInerney MJ, Sieber JR, Gunsalus RP (December 2009). "Syntrophy in anaerobic global carbon cycles". Current Opinion in Biotechnology. 20 (6): 623–32. doi:10.1016/j.copbio.2009.10.001. PMC 2790021. PMID 19897353.
  43. Klitgord N, Segrè D (August 2011). "Ecosystems biology of microbial metabolism". Current Opinion in Biotechnology. 22 (4): 541–6. Bibcode:2011COBt...22..541K. doi:10.1016/j.copbio.2011.04.018. PMID 21592777.
  44. Leininger S, Urich T, Schloter M, Schwark L, Qi J, Nicol GW, et al. (August 2006). "Archaea predominate among ammonia-oxidizing prokaryotes in soils". Nature. 442 (7104): 806–9. Bibcode:2006Natur.442..806L. doi:10.1038/nature04983. PMID 16915287. S2CID 4380804.
  45. Kristensen DM, Mushegian AR, Dolja VV, Koonin EV (January 2010). "New dimensions of the virus world discovered through metagenomics". Trends in Microbiology. 18 (1): 11–9. doi:10.1016/j.tim.2009.11.003. PMC 3293453. PMID 19942437.
  46. Venter JC, Remington K, Heidelberg JF, Halpern AL, Rusch D, Eisen JA, et al. (April 2004). "Environmental genome shotgun sequencing of the Sargasso Sea". Science. 304 (5667): 66–74. Bibcode:2004Sci...304...66V. CiteSeerX 10.1.1.124.1840. doi:10.1126/science.1093857. PMID 15001713. S2CID 1454587.
  47. Yooseph S, Nealson KH, Rusch DB, McCrow JP, Dupont CL, Kim M, et al. (November 2010). "Genomic and functional adaptation in surface ocean planktonic prokaryotes". Nature. 468 (7320): 60–6. Bibcode:2010Natur.468...60Y. doi:10.1038/nature09530. PMID 21048761.Citakan:Subscription required
  48. Zimmer C (13 July 2010). "How Microbes Defend and Define Us". New York Times. Diaksés tanggal 29 December 2011.
  49. Nelson KE and White BA (2010). "Metagenomics and Its Applications to the Study of the Human Microbiome". Metagenomics: Theory, Methods and Applications. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-54-7.
  50. Li LL, McCorkle SR, Monchy S, Taghavi S, van der Lelie D (May 2009). "Bioprospecting metagenomes: glycosyl hydrolases for converting biomass". Biotechnology for Biofuels. 2 (1) 10. Bibcode:2009BB......2...10L. doi:10.1186/1754-6834-2-10. PMC 2694162. PMID 19450243.
  51. Jaenicke S, Ander C, Bekel T, Bisdorf R, Dröge M, Gartemann KH, et al. (January 2011). Aziz RK (éd.). "Comparative and joint analysis of two metagenomic datasets from a biogas fermenter obtained by 454-pyrosequencing". PLOS ONE. 6 (1) e14519. Bibcode:2011PLoSO...614519J. doi:10.1371/journal.pone.0014519. PMC 3027613. PMID 21297863.
  52. Suen G, Scott JJ, Aylward FO, Adams SM, Tringe SG, Pinto-Tomás AA, et al. (September 2010). Sonnenburg J (éd.). "An insect herbivore microbiome with high plant biomass-degrading capacity". PLOS Genetics. 6 (9) e1001129. doi:10.1371/journal.pgen.1001129. PMC 2944797. PMID 20885794.
  53. George I, Stenuit B, Agathos SN (2010). "Application of Metagenomics to Bioremediation". Dina Marco D (éd.). Metagenomics: Theory, Methods and Applications. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-54-7.
  54. Committee on Metagenomics: Challenges and Functional Applications, National Research Council (2007). "Understanding Our Microbial Planet: The New Science of Metagenomics". {{{booktitle}}}, The National Academies Press.
  55. Wong D (2010). "Applications of Metagenomics for Industrial Bioproducts". Metagenomics: Theory, Methods and Applications. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-54-7.
  56. Schloss PD, Handelsman J (June 2003). "Biotechnological prospects from metagenomics" (PDF). Current Opinion in Biotechnology. 14 (3): 303–10. doi:10.1016/S0958-1669(03)00067-3. PMID 12849784. Diarsipkeun ti asli (PDF) tanggal 4 March 2016. Diaksés tanggal 20 January 2012. Archived 4 Maret 2016 di Wayback Machine
  57. Zhu W, Lomsadze A, Borodovsky M (July 2010). "Ab initio gene identification in metagenomic sequences". Nucleic Acids Research. 38 (12): e132. doi:10.1093/nar/gkq275. PMC 2896542. PMID 20403810.
  58. Kakirde KS, Parsley LC, Liles MR (November 2010). "Size Does Matter: Application-driven Approaches for Soil Metagenomics". Soil Biology & Biochemistry. 42 (11): 1911–1923. Bibcode:2010SBiBi..42.1911K. doi:10.1016/j.soilbio.2010.07.021. PMC 2976544. PMID 21076656.
  59. Parachin NS, Gorwa-Grauslund MF (May 2011). "Isolation of xylose isomerases by sequence- and function-based screening from a soil metagenomic library". Biotechnology for Biofuels. 4 (1): 9. Bibcode:2011BB......4....9P. doi:10.1186/1754-6834-4-9. PMC 3113934. PMID 21545702.
  60. Paulson JN, Stine OC, Bravo HC, Pop M (December 2013). "Differential abundance analysis for microbial marker-gene surveys". Nature Methods. 10 (12): 1200–2. doi:10.1038/nmeth.2658. PMC 4010126. PMID 24076764.
  61. Segata N, Waldron L, Ballarini A, Narasimhan V, Jousson O, Huttenhower C (June 2012). "Metagenomic microbial community profiling using unique clade-specific marker genes". Nature Methods. 9 (8): 811–4. doi:10.1038/nmeth.2066. PMC 3443552. PMID 22688413.
  62. Segata N, Boernigen D, Tickle TL, Morgan XC, Garrett WS, Huttenhower C (May 2013). "Computational meta'omics for microbial community studies". Molecular Systems Biology. 9 (666) 666. doi:10.1038/msb.2013.22. PMC 4039370. PMID 23670539.
  63. Dadi TH, Renard BY, Wieler LH, Semmler T, Reinert K (2017). "SLIMM: species level identification of microorganisms from metagenomes". PeerJ. 5 e3138. doi:10.7717/peerj.3138. PMC 5372838. PMID 28367376.
  64. Jansson J (2011). "Towards "Tera-Terra": Terabase Sequencing of Terrestrial Metagenomes Print E-mail". Microbe. Vol. 6, no. 7. hlm. 309. Diarsipkeun ti asli tanggal 31 Maret 2012.
  65. Vogel TM, Simonet P, Jansson JK, Hirsch PR, Tiedje JM, Van Elsas JD, Bailey MJ, Nalin R, Philippot L (2009). "TerraGenome: A consortium for the sequencing of a soil metagenome". Nature Reviews Microbiology. 7 (4): 252. doi:10.1038/nrmicro2119.
  66. "TerraGenome Homepage". TerraGenome international sequencing consortium. Diaksés tanggal 30 December 2011.
  67. Charles T (2010). "The Potential for Investigation of Plant-microbe Interactions Using Metagenomics Methods". Metagenomics: Theory, Methods and Applications. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-54-7.
  68. Pérez-Cobas AE, Gomez-Valero L, Buchrieser C (2020). "Metagenomic approaches in microbial ecology: an update on whole-genome and marker gene sequencing analyses". Microbial Genomics. 6 (8). doi:10.1099/mgen.0.000409. PMC 7641418. PMID 32706331.
  69. Mende DR, Waller AS, Sunagawa S, Järvelin AI, Chan MM, Arumugam M, et al. (23 February 2012). "Assessment of metagenomic assembly using simulated next generation sequencing data". PLOS ONE. 7 (2) e31386. Bibcode:2012PLoSO...731386M. doi:10.1371/journal.pone.0031386. PMC 3285633. PMID 22384016.
  70. Kerepesi C, Grolmusz V (March 2016). "Giant viruses of the Kutch Desert". Archives of Virology. 161 (3): 721–4. arXiv:1410.1278. doi:10.1007/s00705-015-2720-8. PMID 26666442. S2CID 13145926.
  71. Kerepesi C, Grolmusz V (June 2017). "The "Giant Virus Finder" discovers an abundance of giant viruses in the Antarctic dry valleys". Archives of Virology. 162 (6): 1671–1676. arXiv:1503.05575. doi:10.1007/s00705-017-3286-4. PMID 28247094. S2CID 1925728.
  72. Hover BM, Kim SH, Katz M, Charlop-Powers Z, Owen JG, Ternei MA, et al. (April 2018). "Culture-independent discovery of the malacidins as calcium-dependent antibiotics with activity against multidrug-resistant Gram-positive pathogens". Nature Microbiology. 3 (4): 415–422. doi:10.1038/s41564-018-0110-1. PMC 5874163. PMID 29434326.
  73. Raes J, Letunic I, Yamada T, Jensen LJ, Bork P (March 2011). "Toward molecular trait-based ecology through integration of biogeochemical, geographical and metagenomic data". Molecular Systems Biology. 7 473. doi:10.1038/msb.2011.6. PMC 3094067. PMID 21407210.
  74. Lavery TJ, Roudnew B, Seymour J, Mitchell JG, Jeffries T (2012). Steinke D (éd.). "High nutrient transport and cycling potential revealed in the microbial metagenome of Australian sea lion (Neophoca cinerea) faeces". PLOS ONE. 7 (5) e36478. Bibcode:2012PLoSO...736478L. doi:10.1371/journal.pone.0036478. PMC 3350522. PMID 22606263.
  75. Qin, Junjie; Li, Ruiqiang; Raes, Jeroen; Arumugam, Manimozhiyan; Burgdorf, Kristoffer Solvsten; Manichanh, Chaysavanh; Nielsen, Trine; Pons, Nicolas; Levenez, Florence; Yamada, Takuji; Mende, Daniel R.; Li, Junhua; Xu, Junming; Li, Shaochuan; Li, Dongfang (2010). "A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing". Nature (Dina basa Inggris). 464 (7285): 59–65. Bibcode:2010Natur.464...59.. doi:10.1038/nature08821. ISSN 1476-4687. PMC 3779803. PMID 20203603.
  76. Abubucker, Sahar; Segata, Nicola; Goll, Johannes; Schubert, Alyxandria M.; Izard, Jacques; Cantarel, Brandi L.; Rodriguez-Mueller, Beltran; Zucker, Jeremy; Thiagarajan, Mathangi; Henrissat, Bernard; White, Owen; Kelley, Scott T.; Methé, Barbara; Schloss, Patrick D.; Gevers, Dirk; Mitreva, Makedonka; Huttenhower, Curtis (2012). "PLOS Computational Biology: Metabolic Reconstruction for Metagenomic Data and Its Application to the Human Microbiome". PLOS Computational Biology. 8 (6) e1002358. Bibcode:2012PLSCB...8E2358A. doi:10.1371/journal.pcbi.1002358. PMC 3374609. PMID 22719234.
  77. Vasilakis N, Tesh RB, Popov VL, Widen SG, Wood TG, Forrester NL, Gonzalez JP, Saluzzo JF, Alkhovsky S, Lam SK, Mackenzie JS, Walker PJ (23 May 2019). "Exploiting the Legacy of the Arbovirus Hunters". Viruses. 11 (5): 471. doi:10.3390/v11050471. PMC 6563318. PMID 31126128.
Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Hugenholz1998" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Eisen2007" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Handelsman1998" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Chen2005" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Lane1985" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Pace1991" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Healy1995" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Stein1996" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Beja2000" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Tyson2004" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Breitbart2002" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Hugenholz2002" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Poinar2005" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Edwards2006" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "rodrigue2010" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "schuster2008" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "nmeth2009" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Burton2014" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "wooley2010" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "hess2011" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "qin2011" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "committee2007" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "koonin2008" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "MEGAN2011" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "sunagawa2013" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "milanese2019" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "liu2011" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "konopka2008" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "MEGAN2007" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "kurokawa2007" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "simon2009a" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "simon2011" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "werner2011" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "mcinerney2009" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "kiltgord2011" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "leininger2006" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Kristensen" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Venter2004" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "yooseph2010" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "zimmer2010" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "NelsonWhite" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "li2009" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "jaenicke2011" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "suen2010" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "george2010" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "booklet2007" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "wong2010" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "schloss2003" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Zhu2010" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "kakirde2010" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "parachin2011" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "paulson2013" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "segata2012" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "segata2013" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "DadiRenard2017" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "jansson2011" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "vogel2009" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "terra" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "charles2010" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Perez" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "mende" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "connectome" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "kettes" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "Hover_2018" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "raes2011" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "lavery2012" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama ":0" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "z" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.Salah ngutip: Tanda <ref> dengan nama "vasilakis" yang didefinisikan di <references> tidak digunakan pada teks sebelumnya.

Tautan éksternal

[édit | édit sumber]

Citakan:Genomics

Dicomot ti "https://su.wikipedia.org/w/index.php?title=Métagénomik&oldid=703546"